診療所・クリニックの赤字経営とは？現状と黒字化戦略を徹底解説

2026年01月08日更新日: 2026年01月09日

「開業すれば安泰」といわれた時代は終わり、現在は診療所（クリニック）経営において厳しい舵取りが求められています。「患者数が以前より減った」「経費がかさみ利益が出ない」といった悩みを抱える先生も多いのではないでしょうか。本記事では、データに基づいた診療所の赤字経営の現状とその背景、そして具体的な黒字化への戦略を徹底解説します。電子カルテや予約システムの活用など、すぐに着手できる業務効率化や集患対策についても詳しく紹介しますので、ぜひ経営改善の参考にしてください。

診療所の赤字経営の現状と背景

近年、診療所の経営環境は急速に変化しており、赤字に陥る施設が決して珍しくない状況となっています。まずは客観的なデータから現状を把握しましょう。

診療所の赤字率の推移

厚生労働省が2025年（令和7年）8月に発表した『医療機関等を取り巻く状況について』によると、2023年度の医科診療所において、入院収益なし診療所および診療所全体の約3分の1、入院収益あり診療所では約半数が医業利益で赤字という衝撃的な結果が報告されています。

かつては安定経営の代名詞であった診療所ですが、物価高騰や診療報酬改定の影響を受け、利益確保が難しくなっています。特に、新型コロナウイルス関連の補助金終了後、本来の経営力が問われるフェーズに入り、明暗が分かれているのが実情です。

資料閲覧はこちら：1/3の診療所が赤字という結果に　診療所経営の現状と対策についてご紹介

赤字経営の診療所が直面する課題

赤字が続くと、当然ながら資金繰りが悪化し、設備の更新やスタッフへの還元が難しくなります。さらに、「忙しいのに利益が出ない」という状況は、院長自身の疲弊だけでなく、スタッフのモチベーション低下や離職を招く「負のスパイラル」に陥るリスクがあります。早期に原因を特定し、対策を講じることが急務です。

赤字の原因を探る

なぜ、これほどまでに赤字の診療所が増えているのでしょうか。主な原因は大きく3つに分類できます。

1. 医療費・物価の高騰と診療報酬の変化

昨今のインフレによる光熱費や診療材料費の高騰は、経営を直接圧迫しています。一方で、診療報酬は公定価格であるため、物価上昇分をすぐに価格（治療費）に転嫁することができません。また、診療報酬改定により、従来の収益モデルが通用しなくなるケースもあります。

2. 人件費の増加と人材不足

医療業界全体で人材不足が深刻化しており、看護師や事務スタッフの採用難易度が上がっています。人材確保のために賃上げを行わざるを得ない一方で、業務効率が上がっていなければ、「人件費率は上がるが収益は伸びない」という構造的な赤字要因となります。

3. 患者数の減少と競争の激化

「競合クリニックの開業」や「人口減少」により、待っているだけで患者が来る時代ではなくなりました。特に、利便性の高いWeb予約やキャッシュレス決済に対応していないクリニックは、若い世代や現役世代の患者から敬遠され、知らぬ間に患者離れが起きている可能性があります。

診療所の黒字化に向けた戦略

赤字からの脱却、そして黒字化を実現するためには、精神論ではなく具体的な「戦略」が必要です。

経営の見直しと効率化（DXの推進）

最も即効性があり、かつ重要なのが「業務効率化」です。限られた人数で多くの患者をスムーズに診察し、回転率を高めることが収益向上に直結します。

電子カルテの導入・見直し：紙カルテの管理コストやカルテ出しの時間を削減します。エムスリーデジカルのようなクラウド型電子カルテであれば、AIによる入力支援機能でカルテ作成時間を短縮し、医師が診察に集中できる時間を増やせます。
Web予約・問診システムの活用：電話対応や受付での問診票記入の手間を減らすことで、受付スタッフの残業代削減や、少人数での運営が可能になります。

資料閲覧はこちら：多忙な事務長・スタッフの業務をラクにする電子カルテならエムスリーデジカル

サービスの質向上と患者満足度の向上

「待ち時間が長い」「会計が遅い」といった不満は、患者の足が遠のく最大の原因です。業務効率化によって生まれた余裕を、丁寧な説明や接遇に充てることで、患者満足度が向上し、再来院（リピート）や口コミによる新規患者の獲得につながります。

コスト削減と補助金の活用

無駄な経費の見直しも重要ですが、必要な投資（IT化など）まで削ってはいけません。 IT導入補助金や、医療機関向けの各種補助金を活用し、初期投資を抑えながらシステム化を進めるのが賢い経営戦略です。

資料閲覧はこちら：【補助金情報最新版】電子カルテに使える補助金まとめ

成功事例から学ぶ診療所の黒字化

実際に赤字から脱却し、黒字化に成功した診療所には共通点があります。

成功した診療所の経営戦略

成功事例の多くは、「デジスマ診療」などのオールインワンシステムを導入し、予約・問診・決済を一元化しています。

例：
- アプリ上で『次回予約の自動案内』や『お知らせ配信』を行うことで、治療中断を防ぎ再診率（リピート率）が向上
- キャッシュレス決済で会計待ち時間をゼロにしたことで患者満足度も上がり、良い口コミが増えて新規患者も増加

このように、「患者の利便性」と「院内の効率化」を同時に実現することが、現代のクリニック経営の勝利の方程式と言えます。

地域密着型サービスの導入

地域のかかりつけ医として、在宅医療への対応や、近隣病院との連携強化も収益の柱となります。その際も、クラウド型電子カルテであれば、訪問先からのカルテ閲覧や情報共有がスムーズに行え、移動時間のロスを減らすことができます。

今後の展望と課題

2026年以降も、医療DXの推進や医師の働き方改革など、クリニックを取り巻く環境は変化し続けます。

持続可能な経営モデルの構築

一時的なコストカットではなく、「システムを活用して、少ない労力で最大の成果を出す」体制を作ることが、将来にわたる安定経営の鍵です。エムスリーデジカルでは、電子カルテと連携した予約・問診・決済システムを通じて、先生方の経営課題解決をサポートしています。無料体験も可能なので、お気軽にお問い合わせください。

現状の赤字に悩んでいる先生は、まずは自院の業務フローにおける「無駄」や「非効率」を見直し、ITの力で解決できる部分がないか検討してみてはいかがでしょうか。