電子カルテのデータ移行完全ガイド｜失敗しない手順・費用相場・注意点を徹底解説

2026年02月16日

政府が推進する医療DXやデータ標準化の流れを受け、システムの乗り換えを検討する医院が増えています。しかし、最大のハードルとなるのが「データ移行」です。本記事では、過去のカルテデータを安全に引き継ぐための具体的な方法、手順、費用相場、失敗しないための注意点を徹底解説します。移行コストを抑え、スムーズな運用開始を目指す開業医・事務長の方は必見です。

「現在の電子カルテが使いにくい」「サポート終了が迫っている」「オンプレミス型からクラウド型へ切り替えたい」

このように電子カルテの乗り換え（リプレイス）を検討する際、最も大きなハードルとなるのが「データ移行」です。

現在、政府は医療DXの一環として、災害時のデータ保全や地域医療連携をスムーズに行うため、「電子カルテ情報の標準化」と「クラウド化」を推進しています。 こうした背景から、長年利用してきたオンプレミス型（院内サーバー型）の電子カルテから、より柔軟で将来性のあるクラウド型電子カルテへ移行するクリニックが増えています。

一方で、「今まで蓄積したカルテデータや患者情報がうまく移行できるか不安」という声も少なくありません。

しかし、現在は以前よりも技術が進歩し、既存システムから移行できる項目が増えており、乗り換えのハードルは確実に下がっています 。

本記事では、電子カルテのデータ移行における具体的な方法、移行の手順、費用相場、そして失敗しないための注意点を徹底解説します。スムーズなシステム移行を実現し、診療の質を落とさないための参考にしてください。

電子カルテのデータ移行とは？その重要性と難しさ

電子カルテのデータ移行とは、旧システムに保存された患者情報、診療録（カルテ記事）、検査結果、画像データなどを、新しい電子カルテシステムに移し替える作業のことです。

これには大きく分けて、「新しいシステムでデータを編集・利用できるようにする（データコンバート）」方法と、「旧データは参照用として別で保管する（PDF化など）」方法の2種類があります。

なぜデータ移行が重要なのか

医師法により、診療録は5年間の保存義務が定められています。システムを切り替えたからといって、過去のデータを破棄することはできません。また、継続して来院される患者様の病歴、アレルギー情報、処方歴を正確に把握するためにも、過去データの参照は不可欠です。

しかし、電子カルテはメーカーごとにデータ構造が異なるため、単純なコピー＆ペーストでは移行できません。ここがデータ移行の難しさであり、コストと時間がかかる要因となっています。

↓データ移行の具体的な手法やリスクについて詳しく知りたい方は、こちらの資料もご覧ください。

資料閲覧はこちら：データ移行が心配という方へ【電子カルテ・レセコンデータ移行解説ガイド】

データ移行の2つの主要パターン

データ移行には、コストと利便性のバランスによって主に2つのパターンがあります。自院の予算と運用方針に合わせて選択することが重要です。

1. データコンバート（完全移行・部分移行）

旧システムのデータを抽出し、新システムのフォーマットに合わせて変換（コンバート）して取り込む方法です。

• メリット： 新しい電子カルテ上で、過去のカルテ記事や処方歴を時系列で閲覧・検索・Do入力（引用）ができるため、診療効率が落ちません。
• 移行可能なデータの例： 一般的に、患者頭書き（氏名・生年月日等）、保険情報、病名、診療行為（投薬・処置データ）などは、「レセプト電算ファイル」を活用して移行できるケースが多いです 。
• デメリット： メーカー間の仕様調整が必要で、費用や時間がかかる場合があります。また、主訴や所見（2号用紙部分）の文字データ移行は難易度が高く、対応できない場合もあります 。

2. 汎用ファイル（PDF・画像）として保管・参照

旧データをPDFや画像データとして書き出し、新システムから「参照用」として閲覧できるようにする方法、あるいは旧端末を閲覧専用として残す方法です。

• メリット： コンバートに比べて費用を大幅に抑えられます。 例えばエムスリーデジカルのように、「カルテPDF一括取込」機能などを活用し、低コストで過去カルテを閲覧可能にするソリューションも登場しています 。
• デメリット： データはあくまで「画像」として扱われるため、テキスト検索や、過去カルテからのDo入力（コピー）ができません。

電子カルテ乗り換えの最適なタイミング

データ移行をスムーズに行うためには、乗り換えのタイミングも重要です。一般的には以下の時期が検討の好機と言えます。

1. 保守契約の更新・リースアップ時： 5年〜7年の契約満了時は、違約金が発生せず最もコストを抑えられます。
2. 既存システムのサポート終了時： OSのサポート切れやメーカーの撤退などに伴う強制的な切り替えです。
3. サーバー更改の時期： オンプレミス型の場合、サーバー機器の老朽化による入れ替え時期に、初期費用・維持費の安いクラウド型へ移行するケースが増えています。
4. 機能不足を感じた時： 在宅医療への対応、Web予約やオンライン診療との連携など、現代の診療スタイルに合わなくなった時です。

↓オンプレミス型とクラウド型の違いや、具体的な移行方法について知りたい方は、こちらの資料もご覧ください。

資料閲覧はこちら：それぞれの特徴と具体的な移行方法がわかる　オンプレ型 VS クラウド型 電子カルテ比較ガイド

データ移行の手順とスケジュール

電子カルテの乗り換えは、稼働開始の半年〜1年前から準備を始めるのが理想的です。一般的なデータ移行の流れは以下の通りです。

1. 現状分析と新システムの選定： 現在のデータ量、保存形式を確認し、新しいメーカーに「どの範囲までデータ移行が可能か」を確認します。
2. データ移行計画の策定： 「全データをコンバートする」のか、「基本情報（頭書き）と直近の処方のみ移行し、過去カルテはPDF参照にする」のか方針を決定します。
3. データ抽出と変換（テスト移行）： 旧システムからデータを抽出し、新システムへテスト的に取り込みます。文字化けがないか、配置がズレていないかを入念にチェックします。
4. リハーサルとスタッフ研修： 実際の診療フローの中で、移行されたデータがどのように表示されるかを確認し、操作研修を行います。
5. 本番移行と稼働開始： 稼働直前のデータを最終移行し、新システムでの運用を開始します。

データ移行にかかる費用相場

データ移行の費用は、データ量、移行方法、メーカーによって大きく変動します。

※上記は一般的な目安です。特にオンプレミス型からクラウド型への移行などは、条件により異なります。

↓最新の市場動向や、他のクリニックが電子カルテ導入に実際にかけた費用を知りたい方は、こちらの資料もご覧ください。

資料閲覧はこちら：m3.com会員に聞いた クリニック向け電子カルテ費用相場レポート

データ移行・乗り換えで失敗しないための注意点

電子カルテの移行でトラブルになりやすいポイントをまとめました。

• 「移行できないデータ」を事前に把握する： すべてのデータが完全に移行できるとは限りません。特に「シェーマ（絵）」「スキャンした紙文書」「メーカー独自の機能で作成したデータ」は移行できないケースが多いです。
• 情報不足時の対策を検討する： メーカー提供の移行方法で情報が不足する場合は、「一定期間、旧電子カルテと新電子カルテを併用する」「直近の患者のみPDF化する」といった運用回避策を事前に決めておくことが重要です 。
• 旧システムの解約条件を確認する： 旧メーカーとの契約内容によっては、データ抽出に高額な作業費を請求されたり、解約違約金が発生したりすることがあります。

電子カルテシェアNo.1※ エムスリーデジカルのご紹介

データ移行は非常に手間とコストがかかる作業です。だからこそ、次の電子カルテ選びでは、「使いやすさ」と「将来性」を重視する必要があります。 近年、多くのクリニックで導入が進み、クラウド電子カルテ導入数No.1を獲得しているのが「エムスリーデジカル」 です 。（※m3.com調査2025年1月）

エムスリーデジカルの主な特徴

• AIによる業務支援： 患者ごと、医師ごとのよく使用するオーダーを学習しリストに表示するなど、AIを活用した機能が充実しています。これにより、診察時間の短縮や医療の質の向上に貢献します 。
• 直感的な操作性：
  洗練されたUI/UXで、電子カルテの操作に不慣れな方でもスムーズに導入・利用できます。タブレットでの手書き入力にも対応し、医師の負担を軽減します。
• 「デジスマ診療」とのスムーズな連携：
  WEB予約・WEB問診・自動受付・キャッシュレス決済・お知らせ配信・オンライン診療の機能などがオールインワンになった「デジスマ診療」と連携し、患者さんの予約から診察、会計までを効率化。受付業務の負担を軽減し、患者満足度向上にも繋がります。
• 充実した周辺システム連携：
  オンライン診療システム、Web予約システム、Web問診システム、検査システムなど、クリニック運営に必要な様々なシステムとの連携が可能です。
• 強固なセキュリティ体制：
  医療情報を扱うため、厳重なセキュリティ対策が施されています。データはクラウド上で管理され、災害時のリスクも低減されます。
• レセコン一体型：
  レセプトコンピュータが標準で搭載されており、レセプト作成業務を効率化します。

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まとめ

電子カルテのデータ移行は、クリニックの診療資産を守る重要なプロジェクトです。「完全コンバート」にこだわらず、「PDF参照」などを組み合わせることで、費用対効果の高い移行が可能になります。

乗り換えを検討する際は、複数のメーカーに見積もりを依頼し、データ移行の実績や対応範囲をしっかりと比較検討しましょう。