電子カルテの値段・料金相場は？導入費用・ランニングコストも含めて費用を徹底解説
2023年11月02日 更新日: 2026年07月23日
「電子カルテの値段はどのくらい？」「月額料金やランニングコストの目安が知りたい」という方へ。クラウド型は初期費用0円〜・月額1万円台から、オンプレミス型は300万〜500万円程度が相場です。本記事では導入費用・月額費用・ランニングコストの違い、費用を決める要因、補助金の活用法まで徹底解説します。
電子カルテ導入費用の相場
電子カルテ導入費用の相場は、オンプレミス型とクラウド型のいずれかによって大きく異なります。それぞれ解説します。
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オンプレミス型の導入費用の相場
オンプレミス型とは、院内にサーバーを設置し、利用端末をLANで接続するタイプの電子カルテです。オンプレミス型の導入費用の相場は、一般的に300万〜500万円程度かかるケースがあります。
費用は高い傾向にありますが、カスタマイズしやすい、セキュリティ面で安心といったメリットがあります。
クラウド型の導入費用の相場
クラウド型とは、院内にサーバーを必要とせず、インターネット環境で利用するタイプの電子カルテです。
クラウド型の初期費用は0円〜数十万円程度が一般的で、オンプレミス型と比べて大幅に抑えられます。月額料金（ランニングコスト）は製品や連携システムによって異なりますが、月額1万円〜3万円程度が相場とされています（※あくまで一般的な目安であり、製品・オプション内容によって異なります）。
オンプレミス型に比べてカスタマイズしづらい面はあるものの、場所を選ばず使用できたり、端末の指定がなく初期のPC購入費用を抑えられるといったメリットがあります。
電子カルテの月額費用・ランニングコストの目安
電子カルテの導入を検討する際、初期費用（値段）だけでなく、月額費用・ランニングコストも重要な比較ポイントです。オンプレミス型とクラウド型では、ランニングコストの構造が大きく異なります。
オンプレミス型のランニングコストは、主に保守費用（年額または月額）です。一般的に導入費用の10〜20%程度が年間保守費用の目安とされており、月換算すると数万円〜十数万円になることもあります（※あくまで一般的な目安であり、製品・サポート内容によって異なります）。
クラウド型の月額料金は、ORCA連動型で月額1万円台〜、レセコン一体型で月額2万円台〜が目安です。保守費用が月額料金に含まれているケースが多く、追加の保守契約が不要なことから、5年・10年単位のトータルコストを比較するとクラウド型のほうが総費用を抑えやすい傾向があります。ただし、利用する機能・連携システム・オプションの内容によって最終的なコストは異なるため、月額費用・ランニングコストも含めた複数年トータルで比較することをおすすめします。
↓オンプレミス型・クラウド型どちらを選ぶかお悩みの方はこちらの資料もご覧ください。
資料閲覧はこちら：それぞれの特徴と具体的な移行方法がわかる オンプレ型 VS クラウド型 電子カルテ比較ガイド
電子カルテ導入費用を決める要因
電子カルテの導入費用を決める要因は、オンプレミス型・クラウド型などのシステムを含め、以下のようなものがあります。
- オンプレミス型・クラウド型の違い
- レセコン一体型か
- 周辺機器
- 他システムとの連携
- カスタマイズの内容
- ライセンス数
- サポート体制の違い
それぞれ解説します。
オンプレミス型・クラウド型の違い
オンプレミス型とクラウド型では、以下のような料金体系が一般的です。
システム形態 | 料金体系 |
|---|---|
オンプレミス型 | 初期費用＋保守費用（年額or月額） |
クラウド型 | 初期費用＋月額費用 |
オンプレミス型は、クラウド型に比べて初期導入費用が高くなります。さらに、毎月もしくは1年ごとの保守費用が必要です。
その一方、クラウド型は保守費用がかかりません。端末の指定がなく、院内にあるパソコンをそのまま使えるケースもあるため、ハード面でもコストを抑えられます。とはいえ、パソコンを新たに購入する必要がある場合は、別途費用がかかる可能性があるでしょう。
レセコン導入形態
レセコン導入形態によっても、導入費用が異なります。レセコンの導入形態は、一体型と連携型の2種類あり、それぞれの特徴は以下の通りです。
レセコン導入形態 | 特徴 |
|---|---|
一体型（内包型） |
|
連携型 |
|
↓レセコンの費用相場もあわせて確認したい方はこちらの資料もご覧ください。
資料閲覧はこちら：2026年最新版 m3.com会員に聞いた クリニック向けレセコン更新費用相場レポート
周辺機器
電子カルテを導入する際、パソコンやプリンター、スキャナーなどの周辺機器を新たに購入しなければならないケースがあるでしょう。診療の形態によって必要な周辺機器は異なるため、事前に確認しておくことが大切です。
他システムとの連携
電子カルテは、PACSや外注検査会社、会計、予約管理、問診など、自院の診療スタイルに合わせてシステム連携が可能な場合があります。これらのシステムと連携するためには、それぞれ費用がかかる場合があります。電子カルテや自院の環境によって連携できるシステムは異なるため、事前にメーカーに確認してみましょう。
カスタマイズの内容
電子カルテのなかには、自院の診療科やスタイルに適した仕様にカスタマイズできるものがあります。カスタマイズの内容によって、費用が追加されることもあるため、電子カルテ導入にかかる費用は高くなる可能性があるでしょう。
とはいえ、自院のスタイルに合わせてカスタマイズできるため、利便性の向上につながります。あらかじめ、自院に必要なカスタマイズの内容を明確にしておくと良いでしょう。
ライセンス数
電子カルテのライセンス数によっても、導入費用は異なる場合があります。電子カルテのライセンスは「クライアントライセンス」と「ユーザーライセンス」の2種類です。
クライアントライセンスの場合、パソコン台数によって費用が決定します。例えば、5台のパソコンで同時ログインする場合、5つのライセンスが必要です。
ユーザーライセンスの場合、電子カルテを利用する人数で費用が決定します。3人のスタッフが同時ログインする場合、3つのライセンスが必要となります。
病床規模が大きな病院はライセンス数が多くなり、費用が高くなりがちです。無駄な費用をかけないために、自院の規模に適したライセンス数を選ぶようにしましょう。
エムスリーデジカルでは、ライセンス数に限らず月額料金は一定です。ORCA連動型は月額11,800円（税抜）〜、レセコン一体型は月額24,800円（税抜）〜からご利用いただけます。スタッフや端末が増えても追加のライセンス費用が発生しないため、規模拡大時のコスト増を心配する必要がありません。
サポート体制の違い
サポート体制の違いによっても、電子カルテ導入費用が異なってきます。例えば、導入前の操作方法のレクチャーの有無、電話もしくはリモートによるサポートなのか、訪問サポートがあるのか、またその回数などによって料金が変わる場合があります。
とはいえ、電子カルテの操作に不安があったり、パソコン操作が苦手なスタッフがいたりする場合は、多少費用がかかってもサポートを受けた方が良いでしょう。また、電子カルテ導入後のサポート体制もよく検討し、トラブル対策をしておくことが大切です。
電子カルテの導入費用を抑える3つの方法
電子カルテの導入費用はさまざまな要因によって決まりますが、以下3つの方法で費用を抑えられる可能性が高くなります。
- 予算を決める
- 見積もりを依頼する
- 補助金を活用する
それぞれ見ていきましょう。
予算を決める
電子カルテの導入を検討する際、あらかじめ予算を決めておく必要があります。
まずは、自院の課題を洗い出すことが大切です。現在の課題を解決するため、自院の規模に適した形態やシステム連携機能、必要なライセンス数などを明確にしましょう。
例えば訪問診療をメインにしている医療機関であれば、クラウド型電子カルテの導入が役立ちます。iPadなどのタブレット端末を院外に持ち出して操作できるため、業務効率化に活用できるでしょう。
↓訪問診療・往診でお使いの電子カルテ選びでお悩みの方はこちらの資料もご覧ください。
資料閲覧はこちら：訪問診療/往診時に最適な電子カルテの選び方
見積もりを依頼する
電子カルテの導入費用を抑えるためには、複数メーカーへ見積もりを依頼することが大切です。
電子カルテにかかる費用は、メーカーや製品によって異なります。あらかじめ自社に必要な機能を明確にしたら、導入費用だけでなく、運用コストも含めた見積もりを取ることで、費用対効果を高められるでしょう。
↓リース・購入・レンタルなど調達方法の比較でお悩みの方はこちらの資料もご覧ください。
資料閲覧はこちら：（リース・購入・レンタル）医療機器システム調達方法 比較ガイド
補助金を活用する（2026年7月時点）
電子カルテを導入する際、国や自治体の補助金を活用することで費用を抑えられる可能性があります。2026年7月時点で活用できる主な補助金は以下の通りです。
「デジタル化・AI導入補助金2026（旧IT導入補助金）」は、中小企業・小規模事業者等を対象に、ITツール（ソフトウェア・クラウドサービス等）の導入費用を補助するものです。
電子カルテもこの補助対象となる場合があります。補助額・補助率は申請区分によって異なり、審査を経て交付が決定されるため、申請後に必ず補助を受けられるとは限りません。
また、「診療所診療情報デジタル推進事業補助金」についても、電子カルテを新たに導入する東京都の診療所を対象に費用の一部が補助される制度があります。
令和8年度版の最新の公募情報・要件については、実施主体の公式サイトを必ずご確認ください。
※本情報は2026年7月時点のものです。各補助金の申請期限は公募回により異なります。最新の公募要領・補助要件は、デジタル化・AI導入補助金については経済産業省（中小企業庁）の公式サイト、診療所診療情報デジタル推進事業補助金については東京都保健医療局の公式サイトで必ずご確認ください。
↓電子カルテ導入に使える補助金についてお悩みの方はこちらの資料もご覧ください。
資料閲覧はこちら：【令和8年版】電子カルテの導入に使える補助金 【診療所診療情報デジタル推進事業補助金】のご紹介
↓デジタル化・AI導入補助金2026（旧IT補助金）の詳細はこちらの資料もご覧ください。
資料閲覧はこちら：デジタル化・AI導入補助金2026（旧IT補助金）概要と活用のポイント
電子カルテの値段・料金に関するよくある質問（FAQ）
Q. 電子カルテの初期費用（値段）はどのくらいかかりますか？
A. 電子カルテの初期費用はシステム形態によって大きく異なります。オンプレミス型は300万〜500万円程度が一般的な相場です。クラウド型は0円〜数十万円程度の製品が多く、オンプレミス型と比べて初期の値段を大幅に抑えられます。なお、周辺機器（PC・プリンター等）の購入が必要な場合は別途費用がかかるため、トータルの金額で比較することが重要です（※あくまで一般的な目安であり、製品・要件によって異なります）。
Q. 電子カルテの月額料金（ランニングコスト）の目安は？
A. クラウド型電子カルテの月額料金は、ORCA連動型で月額1万円台〜、レセコン一体型で月額2万円台〜が目安です。オンプレミス型は月額の保守費用として数万円〜十数万円かかるケースがあります。クラウド型は月額費用にサポートや機能アップデートが含まれることが多く、ランニングコストを予測しやすいメリットがあります（※あくまで一般的な目安であり、製品・オプション内容によって異なります）。
Q. 電子カルテ導入の費用（金額）を補助金で抑えることはできますか？
A. はい、国の補助金を活用することで電子カルテの導入費用（金額）を抑えられる可能性があります。2026年7月時点では、デジタル化・AI導入補助金2026（旧IT導入補助金）や、東京都の診療所を対象とした診療所診療情報デジタル推進事業補助金が代表的です。ただし、補助金は申請後の審査を経て交付が決定されるため、必ず受けられるとは限りません。最新の要件・申請期限（公募回により異なります）は、各省庁・実施主体の公式サイトで必ずご確認ください。
Q. クラウド型とオンプレミス型では、どちらが長期的なトータルコストを抑えられますか？
A. 一般的には、クラウド型のほうが長期的なトータルコスト（初期費用＋月額料金の合計）を抑えやすい傾向があります。オンプレミス型は初期費用が高く、さらに年間保守費用がかかるため、5年・10年単位で見ると総費用が高くなるケースが多いです。ただし、診療科の特性や必要なカスタマイズ内容によってはオンプレミス型が適している場合もあります。複数のメーカーから複数年トータルの見積もりを取り、費用対効果を比較することをおすすめします。
まとめ
電子カルテ導入費用は、オンプレミス型・クラウド型の違いや機能などさまざまな要因によって異なります。あらかじめ自社に必要な形態やシステムを明確にし、複数メーカーの見積もりを比較することが大切です。また、IT化を推進する国の補助金をうまく活用することで、電子カルテ導入・運用コストを抑えやすくなるでしょう。
弊社では、クラウド型電子カルテ「エムスリーデジカル」を提供しています。電子カルテシェアNo.1（※m3.com調査2025年1月）の実績を持ち、7,000施設以上への導入実績、100以上のサービス・機器との連携実績があります。初期費用0円〜、月額11,800円（税抜）〜（ORCA連動型）からご利用開始いただけます。レセコン一体型は月額24,800円（税抜）〜です。ライセンス数に限らず月額料金が一定のため、スタッフが増えても追加費用を心配する必要がありません。導入前の無料相談・無料体験も可能ですので、電子カルテの値段・料金でお悩みの方はお気軽にご相談ください。
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